Psi4

PSI to pakiet do obliczeń kwantowo-chemicznych. Oprogramowanie pozwala przeprowadzać obliczenia, tak optymalizację geometrii jak i wyznaczenie częstości drgań, za pomocą zarówno metod ab initio jak i DFT. Większa część programu napisana jest w języku C++, jest również dostępny interfejs API Pythona.

Wdrożenie w klastrze Blueocean:

Wersja oprogramowania Psi4: 1.1 (oparty o python 2.7)
Ścieżka instalacji oprogramowania: /opt/psi4/psi4v1.1/
Ścieżka do katalogu SCRATCH oprogramowania Psi4: /opt/SCRATCH/PSI4
Moduł ładujący zmienne oprogramowania: psi4_1.1

Przykładowy scenariusz uruchomienia oprogramowania w trybie interaktywnym:
qrsh
module load psi4_1.1
psi4 --version

Wynik polecenia:
/opt/psi4/psi4v1.1/lib/python2.7/site-packages/v2rdm_casscf/v2rdm_casscf.so loaded.
1.1

Przykładowy scenariusz uruchomienia oprogramowania w trybie wsadowym, przykład kontenera:
#!/bin/bash
cTIME=`date +"%Y%m%d%H%M%S"`
f=psi4.$1.$cTIME
echo "#!/bin/bash" > $f
echo "#$ -cwd" >> $f
echo "#$ -M imie.nazwisko@p.lodz.pl" >> $f
echo "#$ -m e" >> $f
echo "#$ -q short" >> $f
echo "module load psi4_1.1 " >> $f
echo "psi4 $PWD/$1" >> $f
qsub -S /bin/bash $f

Wywołanie kontenera - przekazanie zadania do systemu kolejkowego:
chmod +x ./nazwa_kontenera
./nazwa_kontenera plik_wejściowy_oprogramowania_psi4

Strona producenta oprogramowania: http://psicode.org/index.php