Środowisko obliczeń statystycznych "R"

Środowisko obliczeń statystycznych "R"

Oprogramowanie R jest pakietem matematycznym umożliwiającym wykonywanie zaawansowanych obliczeń statystycznych. Działa w oparciu o licencję GPL, dzięki czemu jest w pełni darmowy o otwartym kodzie. Oprócz obliczeń, oprogramowanie R umożliwia tworzenie bardzo dokładnych wykresów wyników obliczeń. Efekty prac można zapisać ww wielu formatach m.in. pdf co ułatwia publikowanie wyników. Aktualnie środowisko oprogramowania statystycznego R w klastrze Blueocean udostępnia poza standardowymi rozszerzeniami pakiet rozszerzeń Bioconductor w wersji 3.8

Aktualna wersja oprogramowania dostępna w klastrze:

1. R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

1.a. Bioconductor 3.8.
Zainstalowane rozszerzenia pakietu Bioconductor:
Rsamtools, version = "3.8"
GenomicAlignments, version = "3.8"
GenomicFeatures, version = "3.8"
BiocParallel, version = "3.8"

Oprogramowanie dostępne po wczytaniu modułów oprogramowania w nastepujący sposób:
module load gcc_5.4.0
module load java_1.8
module load R_3.5.1

Oprogramowanie dostepne w trybie interaktywnym oraz wsadowym:

Przykłąd wykorzystania trybu interaktywnego:
qrsh -q interactive -l h=blueocean123.adm.p.lodz.pl
module load gcc_5.4.0
module load java_1.8
module load R_3.5.1

Dla trybu wsadowego należy używać kolejki "cshort" zgodnie z następującym przykładem:
#!/bin/bash
# Cechy zadania przekazywane do systemu kolejkowego:
cTIME=`date +"%Y%m%d%H%M%S"`
f=R.$cTIME #nazwa pliku
echo "#!/bin/bash" > $f #srodowisko
echo "#$ -cwd" >> $f
echo "#$ -M email@p.lodz.pl" >> $f # wyslij mail
echo "#$ -m e" >> $f #dolacz informacje o bledzie
echo "#$ -q cshort" >> $f # wybrana kolejka
#
# Srodowisko uruchamiania
echo "module load gcc_5.4.0" >> $f
echo "module load java_1.8" >> $f
echo "module load R_3.5.1" >> $f
#
# Przykladowe komendy - tu nalezy wpisac wywolanie skierowane do obliczen
echo "R < R.input --no-save" >> $f
#
qsub -S /bin/bash $f
 

2. R version 3.4.1 (2017-06-30) -- "Single Candle"
Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

Oprogramowanie dostępne po wczytaniu modułu oprogramowania w nastepujący sposób:
module load R_3.4.1

3. R version 3.2.1 (2015-06-18) -- "World-Famous Astronaut"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)